вернуться к списку

Молекулярный кариотип (Сравнительная геномная гибридизация)

Preț: 12000.00 MDL

Срок 27 дней *

* Продолжительность проведения данного теста определяется по предварительной записи по указанному номеру телефона. 079904000

Informaţii generale

Formular informatii proba

Что такое постнатальный молекулярный кариотипа arrayCGH?

Массив молекулярных кариотипов CGH представляет собой молекулярно-цитогенетический анализ, который позволяет точно и быстро идентифицировать несбалансированные хромосомные аномалии, связанные с изменениями количества копий ДНК (микроделеции и микродупликации), которые невозможно обнаружить классическим хромосомным анализом. Метод arrayCGH исследует весь геном с более высоким разрешением и может объяснить фенотип в 5-10 раз чаще, чем классический кариотип, что дает преимущество в применимости в ситуациях, когда культивирование клеток невозможно.

Рис.1 Этот пример иллюстрирует делецию на длинном плече хромосомы 14, идентифицированную методом arrayCGH в лаборатории Synevo Romania

Лаборатория Synevo Romania использует платформу микрочипов Agilent, которая позволяет исследовать весь геном со средним разрешением обнаружения 60Kb.

Что влечет за собой метод arrayCGH?

Метод массива CGH основан на сравнительной геномной гибридизации (CGH) двух типов геномной ДНК, образца ДНК пациента и образца контрольной ДНК, с использованием слайдов массива, содержащих десятки тысяч зондов, нацеленных на множественные гены и хромосомные области.

Рис.2 Принцип работы методологии arrayCGH

Метод arrayCGH позволяет идентифицировать CNV (варианты количества копий / вариации количества копий ДНК). Они подразделяются на 5 категорий: доброкачественные, вариации с неизвестным значением (VOUS), возможно, доброкачественные, VOUS с неопределенным значением, VOUS, возможно, патогенные и явно патогенные.

Эти субмикроскопические геномные перестройки широко распространены по всему геному и являются важным фактором для эволюции, фенотипической дифференциации, а также для восприимчивости к определенным заболеваниям.

Легенда:

Красный = потеря генетического материала

Синий = прирост генетического материала

Maro = сложная перестройка

Рис.3 Различные типы вариаций количества детей (CNV)

Сколько существует типов CGH-массивов?

Массив молекулярных кариотипов CGH используется как в исследованиях, так и в диагностике. Методологически он может недискриминировать весь геном, нацеливаться на ряд областей, имеющих особое клиническое значение, или сочетать оба метода.

В зависимости от того, что содержат ДНК-микрочипы, прикрепленные к слайду, существуют микрочипы с BAC (бактериальная искусственная хромосома), с олигонуклеотидами или конкретный метод с SNP (однонуклеотидный полиморфизм). Каждый метод имеет свои особенности и приложения.

Постнатальный массив молекулярного кариотипа CGH, выполненный в лаборатории Synevo Romania, включает 60000 зондов, представленных олигонуклеотидами, состоящими из 60 оснований.

Каковы показания для послеродового массива CGH молекулярный кариотип?

В постнатальном диагнозе массив молекулярных кариотипов CGH является тестом первого намерения для:

Пациенты с множественными врожденными дефектами / дисморфическими признаками, не входящими в известный генетический синдром
Новорожденные с множественными врожденными дефектами, у которых невозможно получить кариотип
Задержка детей в психомоторном развитии
Пациенты с ограниченными интеллектуальными возможностями
Пациенты с расстройствами аутистического спектра

Другие приложения, такие как задержка роста, задержка в достижении

Клинический пример из тематических исследований Synevo Румыния

Общие фенотипические признаки пациента: необъяснимые нарушения умственного развития, мягкий черепно-лицевой дисморфизм, глубокие глаза, прямые брови, острый подбородок.

Тест, используемый для установления диагноза: молекулярный кариотип массива CGH.

Диагноз: 1p36 синдром микроделеции.

Каковы преимущества метода arrayCGH?

Увеличение клинической полезности. Уровень выявления патогенной CNV у детей с задержкой развития, умственной отсталостью и множественными врожденными дефектами составляет 18-20%, по сравнению с 3% по классическому кариотипу. Впоследствии, тестирование других членов семьи затронутых образцов позволяет идентифицировать статус носителя и унаследованный или de novo характер аномалии.
Среднее разрешение обнаружения около 60 КБ. Он предлагает взгляд на весь геном в высоком разрешении, в 10 раз выше, чем у классического кариотипа.
Тест CGH с одним массивом является одновременным эквивалентом тысяч экспериментов FISH / MLPA.
Обнаруживает субмикроскопические дупликации и делеции, несбалансированные хромосомные перестройки, различные степени мозаицизма.
Не требует клеточной культуры, как классический кариотип

Каковы ограничения метода arrayCGH?

Не идентифицирует сбалансированные хромосомные изменения (транслокации, инверсии, вставки), точечные мутации, мозаицизм низкого уровня. Эти изменения идентифицированы другими генетическими тестами в портфеле лаборатории Synevo Romania.
Он не предоставляет информацию о структурной природе выявленных аномалий.
Он может обнаруживать CNV неясного значения, которые требуют дальнейшего тестирования и анализа, или CNV неизвестного значения, генерируя непонятные результаты в контексте современных знаний.

Какова роль генетика?

Роль генетика важна, так как генетическое консультирование до и после тестирования помогает пациенту понять преимущества и недостатки метода, а также результат теста. Фенотипические данные пациента важны для интерпретации результатов, а тесное сотрудничество с направляющим врачом способствует точности диагностики и улучшению ведения пациентов.

Собранный материал: 6 mL венозная кровь

Контейнер для сбора материала:вакуумный контейнер, содержащий ЭДТА в качестве антикоагулянта

Причины отторжения образца: использование другого типа антикоагулянта; старые, коагулированные, гемолизированные или бактериально загрязненные образцы.

Стабильность образца: максимум 72 часа с момента сбора образца до его ввода в работу.

Метод: метод массива CGH основан на сравнительной геномной гибридизации (CGH) двух типов геномной ДНК, образца ДНК пациента и контрольного образца ДНК, с использованием слайдов массива, содержащих десятки тысяч зондов, нацеленных на множественные гены и хромосомные области.

Отчетность и интерпретация результатов

Результат массива молекулярных кариотипов CGH описывает, согласно ISCN (Международная система цитогенетической номенклатуры человека), выявленные несбалансированные числовые и структурные изменения (потеря или прирост генетического материала), критические точки, точные размеры изменений.

В процессе интерпретации используются международные базы данных, такие как OMIM (онлайн-менделевское наследование у человека), DECIPHER (база данных хромосомного дисбаланса и фенотипа у людей с использованием ресурсов ансамбля), DGV (база данных геномных вариантов), UCSC Genome Browser.

Окончательная клиническая интерпретация результата сделана генетиком, в зависимости от фенотипа пациента и содержания генов хромосомных областей, участвующих в изменениях.

Подтверждение теста может быть сделано, в зависимости от ситуации, классической цитогенетикой или молекулярными методами, такими как FISH или КПЦР / MLPA.

Время отклика: 12-20 дней

Скачать форму согласия .

Bibliografie:

The Principles of Clinical Cytogenetics, Third Edition 2013, Steven L Gersen, Martin B. Keagle
Analyzing Chromosomes, e-Library 2004, Barbara Czepulkowski.
A Comprehensive Review in Clinical Cytogenetics, 2014, MD Anderson Cancer Center.
ACMG Genetics and Genomics Review Course, 2013 edition.
Cytogenetic abnormalities. Chromosomal, FISH and Microarray-Based Clinical Reporting, 2014 edition, Susan Mahler Zneimer.
Laborator Synevo România. Referințele specifice tehnologiei de lucru utilizate, 2015.

Посмотреть все содержимое

Показать меньше